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JACS:定向進化的酶催化聯烯立體選擇性環丙烷化反應

來源:化學加原創      2024-03-22
導讀:近日,美國加州大學伯克利分校(University of California, Berkeley)John F. Hartwig課題組發展了由可以控制兩種立體化學元素的含銥細胞色素(Ir(Me)-CYP119)催化的聯烯與重氮乙酸乙酯(EDA)的酶促環丙烷化反應。通過使用6-codon (6c, VILAFG)飽和突變識別的2個Ir(Me)-CYP119突變體就催化形成了ee為-93% ~ > 99%、E/Z比值> 99:1的(E)-ACPs。此外,通過額外的4輪誘變,作者又確定了一種酶變體,其可以以高達94%的ee,28:72 E/Z 得到(Z)-ACPs。計算研究表明,由突變位置決定的卡賓定向轉化解釋了反應的立體選擇性。相關成果發表在J. Am. Chem. Soc.上,文章鏈接DOI:10.1021/jacs.3c13011。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

正文

Alkylidene環丙烷是一類天然的和合成的張力環化合物(Figure 1a),其烯烴部分可以發生轉化,且取代基之間具有不尋常的立體化學和幾何關系。單取代的聯烯與非對稱卡賓的環丙烷化可以產生八種異構體產物(Figure 1b),并且由于聯烯的特性使得它們的立體選擇性環丙烷化具有很大的挑戰。首先,由于中心缺電子的sp碳降低了聯烯的親核性,因此聯烯在環丙烷化反應中比烯烴的反應性差;其次,與末端聯烯中的端位烯烴反應在空間上是有利的,而與內部烯烴反應在電性上有利;再次,1,1-二取代非對稱聯烯中的端位烯烴的兩個面是非對映異構的,從而導致產物的不同(E)-和(Z)-構型。因此,盡管ACPs的立體化學研究已有豐富的歷史,但目前僅報道了5例ee > 90%的非手性聯烯的對映選擇性環丙化反應,且這5例是通過使用空間位阻較大的卡賓或含有第二個結合位點的金屬和過量的聯烯來克服上述挑戰的(Figure 1c)。由于很少有聯烯是商業可得的,因此對有限的聯烯實現選擇性環丙烷化反應具有重要意義。然而,通過聯烯的分子間對映選擇性環丙化形成(Z)-異構體主要產物到目前還是未知的。最近,美國加州大學伯克利分校John F. Hartwig課題組報道了一個通過定向進化的Ir(Me)-CYP119變體催化聯烯與EDA的區域選擇性環丙烷化,形成了具有優異對映選擇性的(E)-或(Z)-異構體(Figure 1d)。下載化學加APP到你手機,收獲更多商業合作機會。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

首先,作者以苯基聯烯和EDA作為模板底物對反應進行探索(Figure 2)。通過對酶活性位點的8個位置(V151, A152, L205, I208, A209, G213, P253, L354)進行篩選(Figure 2a),得到的最佳反應條件為:EDA (50 mM),E . coli harboring, CYPvariant (4 uM [Ir]), M9-N緩沖液,室溫反應6小時。且當使用CYPE?plus可以以> 99%的ee得到E-(?)-ACP異構體。此外,使用純化的CYPE?plus酶在1 mmol的規模上制備E-(?)-ACP時,產率為69% (909 TON),ee值為97%,且1a/1b/1c的比例為97:1:2。并且E-(?)-ACP異構體通過X-射線晶體學測定得出其為(R)-對映體(Figure 2b)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

接下來,作者還通過靶向活性位點的四個額外位點來尋找能夠形成(Z)-異構體的突變體(Figure 3)。當使用CYPZ?minus時,可以以高達94%的ee, 28:72 E/Z得到Z式異構體產物。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

在確定了突變體可以對(E)-(+)、(E)-(?)和(Z)-(?)立體異構體進行選擇性識別后,作者研究了聯烯取代基對立體選擇性的影響(Figure 4)。CYPE?plus對芳基-ACPs中芳基上的小位阻取代基如氟、甲基、甲氧基和氯具有良好的耐受性(97% ~ 99% ee)。而芳基上位阻較大的取代基如正丙基、溴和叔丁基會使ee值有小幅度的降低(分別為96% ee、92% ee和87% ee)。此外,具有更柔性的正己基和苯乙基的脂肪族ACPs也可以以良好的對映選擇性形成環丙烷。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

為了評估控制立體選擇性的因素,作者進行了DFT計算和MD(molecular dynamics)模擬(Figure 5)。首先,作者對游離的、非取代的Ir(Me)-卟啉絡合物催化聯烯1的反應進行了DFT計算,揭示了輔助因子對苯基聯烯環丙烷化的內在選擇性。DFT計算表明端位雙鍵和內部雙鍵通過環丙烷化形成的E-Z-異構體的過渡態能量均在1 kcal·mol?1左右。最低能量過渡態(ΔG?為4.6 kcal·mol?1)導致(E)-ACP產物的生成,且其為主要的烯烴異構體,但由于計算所得到的ΔG?差異很小,由此表明進化的酶的選擇性主要由與活性位點氨基酸側鏈的相互作用所控制。由于這些模型的ΔG?值較低(4.6-5.7 kcal·mol?1),因此反映了Ir-卡賓中間體對聯烯的高反應活性。接下來,作者通過MD模擬表明,在CYPE - plus變體中,由于Gly在213位被Leu取代,卡賓在Ir-C鍵周圍旋轉了大約100o。此外,結合聯烯的MD模擬表明,末端烯烴以一種類似于DFT優化的(E)-(?)-ACP-TS構象接近CYPZ?minus活性位點的卡賓。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

總結

John F. Hartwig課題組使用在P450活性位點中含有銥的人工金屬酶來催化聯烯與重氮乙酸乙酯的環丙烷化反應,分別以良好的選擇性形成了(E)-(R)- ACP和(E)-(S)-ACP。其中形成的(Z)異構體是以前用小分子催化方法所無法合成的。DFT計算和MD模擬闡明了活性位點的突變如何產生控制銥-卡賓中間體取向的空間相互作用,并產生具有不同能量的過渡態以形成兩種不同幾何構型的烯烴,盡管在沒有蛋白質存在的情況下形成這兩種異構體的能量相似。


文獻詳情:

Brandon J. Bloomer,Isaac A. Joyner, Marc Garcia-Borràs, Derek B. Hu, Martí Gar?on, Andrew Quest, Consuelo Ugarte Montero, Isaac F. Yu, Douglas S. Clark,  John F. Hartwig*. Enantio- and Diastereodivergent Cyclopropanation of Allenes by Directed Evolution of an Iridium-Containing Cytochrome. J. Am. Chem. Soc., 2024, https://doi.org/10.1021/jacs.3c13011.

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